Program jest rozpowszechniany na licencji GNU i przeznaczony do pracy pod kontrolą 32-bitowych systemów Windows 2000, Windows 2003, Windows XP oraz Windows Vista oraz 64-bitowego Windows XP. Po jego pobraniu należy rozpakować archiwum. Wśród wypakowanych plików pojawią się te z rozszerzeniem *.EXE oraz *.SCR, które należy skopiować do katalogu %systemroot%/system 32 (z reguły C:/Windows/system32). Można już teraz wybrać JkDefrag w ustawieniach wygaszacza ekranu. W przypadku Windows Vista istotne jest wyłączenie Kontroli Konta Użytkownika (UAC): Start -> Panel Sterowania -> Konta użytkowników -> Włącz lub wyłącz funkcję Kontrola Konta Użytkownika.
Graficzne zobrazowanie przestrzeni woluminu jest przedstawione zgodnie ze schematem kolorów:
- Czarny - obszar pusty;
- Zielony ciemny - obszar w użyciu;
- Zielony jasny - obszar zdefragmentowany;
- Żółty - obszar pofragmentowany;
- Czerwony - obszar niemożliwy do przeniesienia;
- Różowy - pliki systemowe;
- Biały - obszar zajęty.
JkDefrag defragmentuje i optymalizuje wyłącznie pliki, do których aktualnie zalogowany użytkownik ma pełne prawa (uprawnienie Pełna kontrola). Domyślnie tylko Administratorzy takowe posiadają w odniesieniu do wszystkich plików na dysku.