Bezpieczeństwo to zagadnienie kluczowe nie tylko dla administratorów sieci, ale i większości użytkowników. W pojedynku dwóch systemów - Windows i Linux - szala zwycięstwa przechylała się zazwyczaj na stronę tego drugiego. Linux przez wielu administratorów uważany jest za system stabilniejszy zapewniający większy stopień bezpieczeństwa. Zgodnie jednak z najnowszymi raportami dotyczącymi ataków przeprowadzanych na serwery oraz dziur wykrytych w oprogramowaniu, prawda nie jest wcale tak oczywista.