Ze względu na zmienioną architekturę systemu niektóre programy nie działają, jak należy, w środowisku Windows Vista. Problemy te objawiają się z reguły niepowodzeniem podczas instalacji, niedostępnością bądź złym działaniem niektórych funkcji oraz pogorszeniem się stabilności systemu. W większości wypadków z pomocą przychodzi najnowsza wersja oprogramowania, niemniej zdarzają się i tacy producenci, którzy nie dbają o klientów, tj. nie mają zamiaru poprawić błędów w kodzie aplikacji, gdyż do tej pory były one ignorowane przez środowisko systemowe.
Aktualizacje poprawiające zgodność aplikacji z systemem Windows Vista można pobrać, klikając na łącze do odpowiedniej edycji systemu: 32-bitowej lub 64-bitowej. Więcej danych o wsparciu, jakie niosą, znajduje się w artykule bazy wiedzy Microsoft KB943302.
