Wraz ze startem systemu uruchamiane są również inne aplikacje. Program Windows Defender monitoruje je, dopuszcza bądź blokuje. Pełną listę znajdziemy w Eksploratorze Oprogramowania.

Program Windows Defender każdą swoją aktywność zapisuje w Historii. Moduł ten rejestruje wszystkie działania, które zostały zastosowane w przypadku wykrycia programu szpiegującego bądź potencjalnie groźnego.

W opcjach znajdziemy nie tylko ustawienia skanowania automatycznego oraz akcji domyślnych. Możemy również dostosować Ochronę w czasie rzeczywistym.

W Windows Defender możemy przeszukać komputer w jednym z trzech trybów: Szybki (skanuje tylko najważniejsze miejsca, co zajmuje najmniej czasu), Pełnym (skanuje 100% obszaru dysku) oraz Niestandardowym (użytkownik może wybrać konkretne dyski bądź foldery).

Proces skanowania komputera przez Windows Defender możemy zautomatyzować tworząc harmonogram, dzięki czemu korzystanie z komputera stanie się bezpieczniejsze.