Stosowanie flag w OneNote pozwala na bardzo prostą i szybką identyfikacje napisanych notatek lub informacji. Dzięki nim bez problemu możemy wyróżnić istotne dla nas dane. Możemy bez wielkiego trudu znaleźć to co najważniejsze. Wystarczy, że każdej notatce nadamy określone zaznaczenie. Możemy zaznaczyć, że informacja zawiera dane osobowe, adresowe, że jest to nasza myśl, definicja, ważna informacja itd.

Aby oflagować element umieszczamy kursor obok niego i z rozwijalnej listy Tag (przycisk znajduje się w standardowym pasku narzędzi) wybieramy rodzaj odznaczenia lub z menu głównego wybieramy Wstaw, Tag. Obok elementu pojawi się flaga, która symbolizuje wybrany przez nas identyfikator elementu.

Mając tak odznaczone elementy możemy w każdej chwili znaleźć informacje o określonych flagach. W tym celu wybieramy z tej samej rozwijalnej listy Tag, Pokaż wszystkie oznakowane notatki. Po prawej stronie pojawi się wyszukiwarka, która znajdzie wszystkie oflagowane elementy z danego zeszytu, sekcji, strony lub wśród innej grupy notatek.

Oczywiście korzystając z tej samej listy możemy zmodyfikować flagi poprzez wybranie opcji Dostosuj moje znaczniki. Tutaj możemy zdefiniować nowe flagi, zmienić ich nazwę, symbol czy kolor oznaczenia.